一般殺菌鍋設備內所生成的水垢是有鈣離子與鎂離子所生成的，其是呈堿性的一種物質，所以在對其進行清洗的時候一般是使用含酸性的試劑來進行去除的，這樣可以通過將堿性與酸性進行中和反應，使得其能夠快捷有效的進行清洗。
   殺菌鍋清洗水垢時，首先是對設備直接進行機械清洗，只有當機械清洗無法起到較為良好的清洗效果時才會使用化學試劑來進行清洗。而能夠對水垢起到較好清洗效果的試劑有：除垢劑、緩蝕劑以及緩沖劑。這些試劑都屬于混合類的化學試劑，對金屬材料造成的腐蝕性較低，并且有較為良好的除垢效果。
   殺菌鍋內部的水垢是由于設備在長時間的運行后，會因為水質等原因而導致產生的，水垢會對設備的殺菌效果產生一定的影響，從而能夠使得需要殺菌的產品上出現污染物。所以需要定期的設備進行清洗，而清洗的間隔應視水質等因素的影響。
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