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傳統滅菌方法主要有：高溫滅菌，高壓滅菌、巴氏殺菌，紫外殺菌，鈷60輻射及紅外等方法，這些工藝各有優缺點，高溫高壓處理食品可能使物料承受過高溫度而導致有效成份破壞，食品內部纖維結構受到破壞影響口感；紫外線波長很小，穿透能力極低，只能用于飲用純水等領域；核輻射溫度雖低但必須集中處理，用戶不能自由操作，單次運作的費用高，運輸不便，需要用戶調整整個生產工藝流程以配合殺菌，并且核輻射的殘留安全性一直存在爭議，歐美發達國家禁止輻照產品進入市場；紅外殺菌仍是以溫度為前提，在常溫常壓下需要達到100～130℃才能殺菌，對熱敏性物料是不適合的。以上殺菌設備及工藝的系統龐大、處理時間長、不易實現自動化、滅菌不*、對產品成份有影響、成本高等缺陷，約束了上述滅菌方法的使用。

相較傳統的殺菌手段而言，微波滅菌系統的特點是：

1．無需預熱時間短、速度快、滅菌均勻*。

2．較常規方法低溫滅菌，產品不易結焦，能保持有效成分

3．用電系統能耗少，占地小，自動化程度高

4．微波具有熱效應和非熱效應雙重殺菌作用。微波熱效應殺菌機理的簡述是：生物細胞是由水、蛋白質、核酸、碳水化合物、脂肪和有機物等復雜化合物構成的一種凝聚態介質。

該介質在強微波場的作用下，溫度升高。其空間結構發生變化或破壞，蛋白質變性，影響其溶解度、粘度、膨脹性、穩定性，從而失去生物活性。微波非熱效應殺菌機理的簡述是：

微波作用能改變生物性排列聚合狀態及其運動規律，而且微波場感應的離子流，會影響細胞膜附近的電荷分布，導致膜的屏障作用受到損傷，影響NA—K泵的功能。產生膜功能障礙，

從而干擾或破壞細胞的正常新陳代謝功能，導致細菌生長抑制、停止或死亡。再則細胞中的核糖核酸（RAN）和脫氧核糖核酸（DAN）在微波場力作用下可導致氫鍵的松弛、斷裂或重組。

誘導基因突變或染色體畸變，從而影響其生物活性的改變，延緩或中斷細胞的穩定遺傳和增殖。簡單地說微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。