噴碼機的工作原理分為三種，壓電式噴墨技術、壓閥式噴墨技術、熱發泡式噴墨技術。
1、壓電式噴墨技術：壓電式噴碼機又叫高解析噴碼機或者高解像噴碼機。集成的噴頭上有128或更多個壓電陶瓷晶體分別來控制噴嘴上的噴孔通過CPU的處理，再通過驅動板輸出一連串的電信號給各個壓電晶體，壓電晶體產生變形，這樣，油墨便從噴嘴中噴射出來，落在移動的物品表面形成點陣，從而形成文字、數字或圖形。然后，壓電晶體恢復原狀，新的油墨進入噴嘴。因為每平方厘米的墨點密度很大，所以應用壓電技術可以噴印在高質量的文字、復雜的徽標和條形碼等信息。
2、壓閥式噴墨技術又叫大字符噴碼機；噴頭有7組或者16組高精密智能微型閥門組成，在噴印時要噴印的字符或圖形通過電腦主板的處理，通過輸出板輸出一連串的電信號給智能微型電磁閥，閥門迅速啟動，墨水依靠內部恒定壓力成墨點噴出，墨點在運動的配噴印物表面形成字符或圖形。
3、熱發泡式：使用水性與油性染料混合的系統，縮小墨滴噴出區域的能力和整合的電路循環技術。低操作頻率、高噴嘴數和單一打印的解析度，都是高速打印的基本要素。因此發泡噴墨技術可以提高打印速度，提高打印機的工作效率。不斷整合的電路技術也讓發泡噴墨技術可以持續壓低成本，同時將整個打印過程化。目前，發泡式打印頭的噴嘴總數可以達到幾百個甚至上千個，每個噴嘴的直徑同發絲相當(43微米)，噴出的墨滴容量最小為4pl。青、品紅和黃三色墨水的墨頭往往是一體的，將幾個很小的彩色墨滴組合，就可以形成不同大小的墨點，產生出更豐富的調和色及更平滑的網目調，而黑色墨水的墨頭是單獨的。因墨盒與墨水在熱氣泡作用下要產生壓力，因此墨盒必須與噴嘴組成一體化結構，更換墨盒時即同時更新打印頭。這樣一來用戶就不必再擔心噴頭堵塞了。不過，這也造成耗材成本相對較貴。
