1、主要從控溫精度和熱分布均勻性上進行選擇，若產品要求溫度很嚴格，尤其是出口產品，因為要求熱分布很均勻，所以應盡量選擇電腦全自動殺菌鍋。電腦半自動殺菌鍋溫度控制、壓力控制與電腦全自動相同，但是價格卻是電腦全自動的1/3。一般要求可以選擇電氣半自動殺菌鍋。手動殺菌鍋殺菌難度高，控溫和控壓等都由人工完成，食品外觀很難掌握，漲罐（袋）和破碎率高。
2、若產品是含氣包裝或者產品外觀比較要求比較嚴格，則應選擇電腦全自動或電腦半自動殺菌鍋。全自動鹵蛋線殺菌鍋
3、若產品是玻璃瓶或馬口鐵，因為升溫和降溫速度都要求可以控制，所以盡量不應選擇雙層殺菌鍋。全自動鹵蛋線殺菌鍋
4、若從節約能源考慮，可選擇雙層殺菌鍋，其特點是上罐是熱水罐，下罐是處理罐，上罐的熱水重復使用，可節約大量蒸汽，適合每天產量超過10噸的食品生產企業。
5、若產量較小或者沒有鍋爐，則可以考慮使用電汽兩用殺菌鍋，其原理是蒸汽由下罐電加熱產生，上罐滅菌。
6、若產品粘稠度很高，殺菌過程中產品需要旋轉，則應選擇選擇旋轉式殺菌鍋。
殺菌鍋操作：
一般罐頭食品廠對罐頭作常壓水煮加熱殺菌處理時都采用本形式的釜式殺菌鍋，本設備通過引入壓縮空氣可實現反壓殺菌。如冷卻需在鍋內進行，須用水泵打入鍋頂部的噴水管（或采用水循環系統）。
在殺菌時，由于加熱使罐頭溫度升高，罐頭內壓力會超過罐外（在鍋內）的壓力。因此，為了避免殺菌時玻璃瓶罐內增壓而跳蓋，對馬口鐵罐兩端面凸出，必須施加反壓力，特別是對需要較高殺菌溫度的肉類罐頭更就如此。
使用反壓力殺菌，即是用壓縮空氣通入鍋內增加壓力，防止罐頭凸罐和跳蓋，其操作情況分述如下：由于壓縮空氣是不良導熱體，況蒸汽本身又具有一定的壓力。因此，在殺菌時升溫過程中，不放進壓縮空氣，而只在達到殺菌溫度后處于保溫時，才開放壓縮空氣入鍋內，使鍋內增加 0.5 ～ 0.8 個大氣壓。特經過殺菌后，降溫冷卻時，停止供應蒸汽，將冷卻水壓入噴水管。由于鍋內溫度下降，蒸汽冷凝，而使鍋內力降低采用壓縮空氣的壓力來補償。
在殺菌過程中，應注意起初排氣，進而泄汽，使蒸汽流通。亦可每隔15－20分鐘放氣一次，促進熱交換。總之必須滿足殺菌條件的規定，按一定程序進行，殺菌溫度的高低，殺菌壓力的大小，殺菌時間的長短和操作方法等均由罐頭產品殺菌工藝作出具體規定。