首先是嚴格挑選新鮮、成熟、無病蟲害的沙棘果作為原料。然后將沙棘果清洗，去除表面的污垢、雜質和農藥殘留等。清洗后的沙棘果通常會進行破碎打漿處理，把沙棘果實破碎成細小的顆粒或漿狀，以便后續發酵過程中微生物能夠充分接觸和作用，提高發酵效率。在破碎過程中，需注意避免種子和果梗破碎，防止其中的不良物質溶出增加苦味。

這是生產線的核心環節，沙棘酵素一般采用傳統工藝發酵，基本分三個階段。第一階段是酵母菌發酵，將大分子分解成小分子，把淀粉分解成二氧化碳和酒精，也叫糖化作用；第二階段是醋酸菌發酵，將酒精分解掉，這個階段也叫醋化作用；第三階段是乳酸菌發酵，乳酸在反應作用下產生益生菌，該階段也叫熟成作用。發酵過程通常在恒溫發酵罐或常溫發酵罐中進行，通過控制溫度、濕度和通風等條件，確保發酵的順利進行。

發酵完成后，需要對酵素液進行過濾，去除其中的殘渣、雜質和微生物等，得到澄清的酵素液。然后根據產品的要求，在酵素液中添加適量的糖、酸、維生素等營養成分和調味劑，進行調配，以改善酵素的口感和風味。

調配好的沙棘酵素液經過無菌處理后，進入灌裝工段，將酵素液灌裝到預先清洗和消毒好的包裝容器中，如玻璃瓶、塑料瓶或易拉罐等。灌裝后進行封蓋、貼標、噴碼等操作，最后將包裝好的沙棘酵素產品進行裝箱、入庫儲存或運輸銷售。

在整個生產過程中，還需要配備熱水系統、電氣控制系統等輔助設施，以確保生產線的正常運行。同時，為了保證產品的質量和安全，生產環境需要保持清潔衛生，生產人員需要嚴格遵守操作規程和衛生標準。